基于R的ggplot2包画KEGG富集通路气泡图_KEGGdot

2021-12-09 阅读量

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背景

基于公司已给出的结果上做出调整（公司只给出了top10），画KEGG富集通路的气泡图，初始文件如下图

代码演示

> getwd() #显示工作目录
> setwd() #如果上述显示不是想要的路径，可以新建一个文件夹然后设置成工作目录，方便一些原始文件以及结果图片的存放
> install.packages("ggplot2",destdir="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages",lib="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages") #安装ggplot2包并设置工作路径，已安装的话忽略这步
> x <- read.csv("RA_25vsRA_0.csv") #导入刚刚存在设置工作目录中的初始结果文件，格式如果是其他可以自行转换成csv格式，或者txt用read.table()，xlsx用read.xlsx()
  GeneRatio  BgRatio       pvalue        padj
1     50/964 164/6826 0.0000000388 0.000007160
2     44/964 137/6826 0.0000000473 0.000007160
3     37/964 119/6826 0.0000013600 0.000137378
4     41/964 143/6826 0.0000038100 0.000288781
5     28/964  87/6826 0.0000126000 0.000766196
6     35/964 123/6826 0.0000232000 0.001031538
7     44/964 169/6826 0.0000257000 0.001031538
> library(ggplot2) #加载ggplot2
> y <- ggplot(x, aes(x=padj, y=Description,  size=Count, color=padj)) + geom_point()  + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(padj),size="Gene number", x="GeneRatio",y="Pathway name",title="KEGG Pathway enrichment")
#确定x轴参数，y轴参数，圆圈大小根据基因数改变，色卡的深浅依据padj+自定义色卡变换颜色+设置色卡名称+设置圆圈名称+x轴名称+y轴名称+图标题名称
> y #显示气泡图，Rstudio会弹出一个新的对话框显示图片，图片可右键存为位图/图元文件等
> ggsave("RA_25vsRA_0_KEGGdot.png",width = 8,height = 8) #保存到目录下为png格式，大小据需调整

效果图

可直接右键保存成位图（ps编辑即可），矢量图可以方便的转换成位图，但位图转换成矢量图比较麻烦

本文作者： twocanis
本文链接： https://twocanis.github.io/2021/12/09/%E5%9F%BA%E4%BA%8ER%E7%9A%84ggplot2%E5%8C%85%E7%94%BBKEGG%E5%AF%8C%E9%9B%86%E9%80%9A%E8%B7%AF%E6%B0%94%E6%B3%A1%E5%9B%BE-KEGGdot/
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