绘制差异代谢产物分类与HMDB代谢通路分类的旭日图

2021-12-22 阅读量

字数：2.2k字 | 预计阅读时长：11分钟

前言

整理实验数据，进行可视化，旭日图有利于简洁明了的展示多层次结构

数据准备工作

对公司返回回来的代谢组结果进行整理，在MSMS二级质谱结果中找到需要分析组别的csv格式文件，直接用excel打开（p值过滤后的数据）

在总表的结果文件中找到全部物质的KEGG信息和HMDB信息

利用vlookup函数对目的分组数据进行所需信息的匹配
对匹配后的物质进行手动筛选分类整理

绘图

excel旭日图的绘制

对上面分类汇总的数据设置如下（不要合并单元格，最后一列一定要赋值）

选中A列到D列区域的有效数据，插入-插入层次结构图表-旭日图，生成如下

注意：多层子目录不要命名，写一个，下面同样的空白即可；最后一列一定要赋值，没有具体的值可以像我一样全部写1，不然无法生成旭日图

ECharts旭日图的绘制

excel一键绘制旭日图虽然快捷简便，但许多细节无法按需调整，色彩饱和度过高，数据标签的摆放，圈内外径的调整等等都不方便，而下面使用echarts绘制旭日图尽管录入数据麻烦，但是出图美观，调整方便
可直接在 ECharts旭日图（我这里用的drink flavor，更适合我的展示需求）按数据准备中整理后的结果替换模板，实时可视化，便于调整，可出png和svg两种格式结果图
可根据 RGB颜色对照表自行替换想要颜色
画布大小问题
- 在线的echarts的画布大小是根据浏览器页面调整的，有时候会出现超出页面且下载后的图片也显示不全的情况（在线的就是显示什么样，下载下来就什么样），这时可调整最后option参数中r0和r的半径范围来控制整个图片大小
- 如果数据太多仍然显示不全，可使用另一个菜鸟在线编辑器，可设置画布大小（这里每次调整需重新运行，不能实时运行，建议在echarts中调整差不多后再到这边调整出图大小）。菜鸟只能直接出png格式，且默认最外层字体颜色随子扇叶（个人觉得更美观，不喜欢可以color: #000000)

ECharts旭日图

菜鸟编辑器修改后的旭日图

附演示代码

附编辑器内全部演示代码，echarts则只用var data部分即可。

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
    <meta charset="utf-8">
    <title>ECharts 实例</title>
    <!-- 引入 echarts.js -->
    <script src="https://cdn.staticfile.org/echarts/4.3.0/echarts.min.js"></script>
</head>
<body>
    <!-- 为ECharts准备一个具备大小（宽高）的Dom --> //设置画布大小
    <div id="main" style="width: 1200px;height:1200px;"></div> 
    <script type="text/javascript">
        // 基于准备好的dom，初始化echarts实例
        var myChart = echarts.init(document.getElementById('main'));
 
var data = [
  {
    name: 'Amino acid', //最里面第一层圈
    itemStyle: {
      color: '#B22222'
    },
    children: [ //第二层子圈
      {
        name: 'Cysteine and\n methionine metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#DC143C'
        },
        children: [ //第三层子圈
          {
            name: '5-Methylthioadenosine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#DC143C'
            }
          },
    
        ]
      },
      {
        name: 'Glutathione metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#CD5555'
        },
        children: [
          {
            name: 'Pyroglutamic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#CD5555'
            }
        
          },
          
        ]
      },
      {
        name: 'Lysine biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#EE6363'
        },
        children: [
          {
            name: 'Aminoadipic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#EE6363'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Tryptophan metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#FF6A6A'
        },
        children: [
          {
            name: 'N-Acetylserotonin',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FF6A6A'
            }
          },
           {
            name: 'L-Formylkynurenine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FF6A6A'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Tyrosine metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#FA8072'
        },
        children: [
          {
            name: 'Normetanephrine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FA8072'
            }
          },
        ]
      },
    ]
  },
    {
    name: 'Carbohydrate',
    itemStyle: {
      color: '#CD950C'
    },
    children: [
      {
        name: 'Amino sugar and\n nucleotide sugar metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#EEAD0E'
        },
        children: [
          {
            name: 'Chitobiose',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#EEAD0E'
            }
          },
          {
            name: 'N-Acetyl-D-glucosamine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#EEAD0E'
            }
        
          },
        ]
      },
      {
        name: 'Glycolysis / Gluconeogenesis',
        itemStyle: {
          color: '#FFB90F'
        },
        children: [
          {
            name: 'D-Glucose 1-phosphate',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFB90F'
            }
        
          },
          
        ]
      },
      {
        name: 'Butanoate metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#CDAD00'
        },
        children: [
          {
            name: '(R)-3-Hydroxybutyric acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#CDAD00'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Starch and sucrose metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#FFD700'
        },
        children: [
          {
            name: 'Glucose 6-phosphate',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFD700'
            }
          },
           
        ]
      },
       {
        name: 'Citrate cycle (TCA cycle)',
        itemStyle: {
          color: '#FFA500'
        },
        children: [
          {
            name: 'Citric acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFA500'
            }
          },
          {
            name: 'Succinic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFA500'
            }
          
          },
        ]
      },
      
      {
        name: 'C5-Branched dibasic acid\n metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#CD8500'
        },
        children: [
          {
            name: 'Mesaconate',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#CD8500'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Pentose and \nglucuronate interconversions',
        itemStyle: {
          color: '#FF8C00'
        },
        children: [
          {
            name: 'Ribitol',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FF8C00'
            }
          },
           
        ]
      },
    ]
  }, 
  {
    name: 'Cofactors and\n Vitamins',
    itemStyle: {
      color: '#20B2AA'
    },
    children: [
      {
        name: 'Retinol metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#53868B'
        },
        children: [
          {
            name: 'Stale',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#53868B'
            }
          },
        ]
      },
      {
        name: 'Biotin metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#008080'
        },
        children: [
          {
            name: 'Biotin',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#008080'
            }
          },
          {
            name: 'Dethiobiotin',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#008080'
            }
          },
        ]
      },
      {
        name: 'Vitamin B6 metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#008B8B'
        },
        children: [
          {
            name: '4-Pyridoxic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#008B8B'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Nicotinate and nicotinamide \nmetabolism',
        itemStyle: {
          color: '#79CDCD'
        },
        children: [
          {
            name: 'Quinolinic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#5F9EA0'
            }
          },
        ]
      }, 
       {
        name: 'Thiamine metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#20B2AA'
        },
        children: [
          {
            name: '5-(2-Hydroxyethyl)-4-methylthiazole',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#20B2AA'
            }
          },
        ]
      },
        {
        name: 'Pantothenate and \nCoA biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#00CED1'
        },
        children: [
          {
            name: 'Pantothenic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#00CED1'
            }
          },
        ]
      },  {
        name: 'Folate biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#48D1CC'
        },
        children: [
          {
            name: 'Pyrimidodiazepine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#48D1CC'
            }
          },
        ]
      },  
      {
        name: 'Ubiquinone and other \nterpenoid-quinone biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#40E0D0'
        },
        children: [
          {
            name: 'Dehypoxanthine futalosine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#40E0D0'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Riboflavin metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#AFEEEE'
        },
        children: [
          {
            name: 'Lumichrome',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#AFEEEE'
            }
          },
          {
            name: 'Riboflavin',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#AFEEEE'
            }
          },
        ]
      },
    ]
  },
  {
    name: 'Lipid',
    itemStyle: {
      color: '#CDB38B'
    },
    children: [
 {
        name: 'Fatty acid biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#EECBAD'
        },
        children: [
          {
            name: 'Myristic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#EECBAD'
            }
          },
        ]
      },
      {
        name: 'alpha-Linolenic acid metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#FFDAB9'
        },
        children: [
          {
            name: 'Stearidonic acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFDAB9'
            }
          },
        ]
      },
      {
        name: 'Steroid biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#EED5B7'
        },
        children: [
          {
            name: 'Lathosterol',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#EED5B7'
            }
          },
        ]
      },
      {
        name: 'GlycerophosphoLipid',
        itemStyle: {
          color: '#FFE4C4'
        },
        children: [
          {
            name: 'Glycerol 3-phosphate',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#FFE4C4'
            }
          },
        ]
      },
    ]
  },
  {
    name: 'Nucleotide',
    itemStyle: {
      color: '#2E8B57'
    },
    children: [
      {
        name: 'Purine metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#3CB371'
        },
        children: [
          {
            name: 'beta-D-3-Ribofuranosyluric acid',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#3CB371'
            }
          },
        ]
      },
       {
        name: 'Pyrimidine metabolism',
        itemStyle: {
          color: '#8FBC8F'
        },
        children: [
          {
            name: 'Cytosine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#8FBC8F'
            }
          },
          {
            name: 'Thymine',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#8FBC8F'
            }
          },
          {
            name: 'Dihydrouracil',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#8FBC8F'
            }
          },
        ]
      },
    ]
  },
  {
    name: 'Xenobiotics',
    itemStyle: {
      color: '#CD96CD'
    },
    children: [
      {
        name: 'Neomycin, kanamycin and\n gentamicin biosynthesis',
        itemStyle: {
          color: '#AB82FF'
        },
        children: [
          {
            name: 'Gentamicin C1a',
            value: 1,
            itemStyle: {
              color: '#AB82FF'
            }
          },
        ]
      },
    ]
  },
];
option = {
  title: {

    textStyle: {
      fontSize: 14,
      align: 'center'
    },
    subtextStyle: {
      align: 'center'
    },
    sublink: 'https://twocanis.github.io/'
  },
  series: {
    type: 'sunburst',
    data: data,
    radius: [0, '95%'],
    sort: undefined,
    emphasis: {
      focus: 'ancestor'
    },
    levels: [
      {},
      {
        r0: '13%', //内径
        r: '30%', //外径
        itemStyle: {
          borderWidth: 2
        },
        label: {
          align: 'right',  //调整文字摆放方向
			fontSize: 14, //调整label字符大小
          color:'#000000', //使文字显示为黑色

        }
      },
      {
        r0: '30%', //下一个圈的内径要和上一个全2外经一致才不会出现交错
        r: '68%',
        label: {
          align: 'right',
			fontSize: 14,
          color:'#000000'
        }
      },
      {
        r0: '68%',
        r: '70%',
        label: {
          position: 'outside',
          padding: 3,
			fontSize: 14, //这里不额外设置颜色则和母扇叶颜色一致
          silent: false
        },
        itemStyle: {
          borderWidth: 4
        }
      }
    ]
  }
};

 
        // 使用刚指定的配置项和数据显示图表。
        myChart.setOption(option);
    </script>
</body>
</html>

本文作者： twocanis
本文链接： https://twocanis.github.io/2021/12/22/%E7%BB%98%E5%88%B6%E5%B7%AE%E5%BC%82%E4%BB%A3%E8%B0%A2%E4%BA%A7%E7%89%A9%E5%88%86%E7%B1%BB%E4%B8%8EKEGG%E4%BB%A3%E8%B0%A2%E9%80%9A%E8%B7%AF%E5%88%86%E7%B1%BB%E7%9A%84%E6%97%AD%E6%97%A5%E5%9B%BE/
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