前言
基于已有的代谢组数据进行impact pathway富集气泡图与Venn图的绘制，用到的原始数据仅包括实验组和对照组的差异代谢物对应的KEGG号即可（或者差异代谢物名称也可），绘制成如下面这种效果图
Impact pathway富集气泡图的生成
代谢组数据分析
使用MetaboAnalyst5.0分析
- 进入 MetaboAnalyst5.0 点击主页中间的start直接开始
- 在内容选择界面选择
Pathway Analysis
- 进入之后选择
Compound List，在输入框中粘贴差异代谢产物的KEGG号，并在Input type部分选择KEGG ID，这一步尽量直接用KEGG号，用差异代谢产物名称（相应选择Compound Name）话因为有别名的存在，即你手里的产物名（公司库的名字）和KEGG库里的不一致，导致在下一步可能还需要核对更换，而KEGG号则是唯一的
- 等待录入匹配完成后会出现如下界面，可以看到都能匹配上则直接拉到最下面继续
Procced（如果前一步被迫只能输产物名的话这一步还可以导出这个表格，得到对应的KEGG号，点击页面左下角的Download result）
- 分析参数设置如果没有特别需求则选择默认设置就好，但是注意选择下面的
Pathway library，根据实验涉及的物种进行选择，这里包含了常见的哺乳动物/鸟/与/昆虫/真菌/植物等，如果做的比较小众没有对应的则选择最相近的即可。比如我这里因为做的是奶牛则选择的Bos taurus(cow)。
- 上一步继续后会生成如下结果，即我们需要的Impact pathway富集气泡图
- 点击左边
Show gridline之后Update可在图中显示网格线，便于更好的观察和认识结果 - 左边气泡图的具体含义：横坐标轴是表示影响大小，圆圈越大代表对这条通路的影响越大；纵轴是-log10(p)，也就是p值可信度，圆圈越红代表可信度越高。每个圆圈对应的具体信息可查看下方表格
- 点击图片下方的
Pathway Name这一系列的超链接，回载页面有图出现这一堆差异代谢物具体hit到了该pathway那些部分，已经简化的代谢通路图
- 点击左边
- 点击
Submit之后会出现结果导出界面，建议直接选择打包下载也就是Download.zip到本地，方便调看查阅
Impact pathway富集气泡图的加工
这里使用到的图片加工软件为Adobe Illustrator也就是AI
- 解压在MetaboAnalyst5.0得到的结果，选择
pathway_results.csv文件打开
- 按
Raw p升序排列，选取小于0.05的，K列的Impact也可以作为参考值，一般大于0.1认为有影响（如果富集到的代谢通路少可以不考虑），按p值大小插入A列拉动排序，记得B列留空
- 打开AI后新建大小合适的画布，将文件
path_view_1_dpi72导入AI，在上面的表格中复制A-C列，粘贴至图片右边，并对应表格中的p值和impact值确定圆圈含义，标记序号一一匹配即可（下图的示例图用的另一个表格的）
- 当impact pathway数量不多的时候也可以选择下面这种展示方式，更加直观
Venn图的绘制
Venn图数据整理
Excel初加工
- 将上面得到的每个比较组的impact pathway粘贴至新建的excel表格中，保存
使用在线Venn图工具分析
- 这里我用的是 联川生物云平台，进入主页注册账号后直接使用，目前免费。搜索Venn，选择如下普通的Venn图即可
- 进入页面后上传刚刚整理的excel表格，则会在右侧自动生成Venn图，对应的图片粗略细节调整可以参照下面箭头，比如调整圆圈颜色/标题位置/字体型号和大小等等
- 点击右侧保存数据注意，选择对应的文件类型后，图片和表格是分开保存的，一定记得都要下载
- 保存到本地的图片可以利用AI进行细化加工
效果图展示
对比开头我之前画的版本，这次写教程演示如下，再补充图例等细节就是完整的figure了。选用哪种按需即可，毕竟美化加工方面因人而异且各有所长。
本文作者：
twocanis
本文链接： https://twocanis.github.io/2022/03/20/%E7%BB%98%E5%88%B6%E5%B7%AE%E5%BC%82%E4%BB%A3%E8%B0%A2%E7%89%A9impact-pathway%E5%AF%8C%E9%9B%86%E6%B0%94%E6%B3%A1%E5%9B%BE/
版权声明： 本作品采用 知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议 进行许可。转载请注明出处！
本文链接： https://twocanis.github.io/2022/03/20/%E7%BB%98%E5%88%B6%E5%B7%AE%E5%BC%82%E4%BB%A3%E8%B0%A2%E7%89%A9impact-pathway%E5%AF%8C%E9%9B%86%E6%B0%94%E6%B3%A1%E5%9B%BE/
版权声明： 本作品采用 知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议 进行许可。转载请注明出处！
